筆者的に主力足りえる艦を各艦種ごとに列挙しました。
ここに挙げられた艦以外にも使える艦はあると思いますが、あくまで筆者の主観ですので、
ご了解の上ご参考にしていただければと思います。
(お勧め順位は上から順になります)

■重巡・軽巡
まとまった数が必要な艦種ではありませんので、両艦種とも便利なスキル持ち2隻ずつを
用意しておけば攻略上問題ないでしょう。

★重巡★
・プリンツ・オイゲン改1
自分に隣接する水上艦のダメージを最大8割カットして引き受けるという非常に便利な
防御型スキルを持っています。
手に入れたら最優先で育て、スキルマックスにしましょう。
特に戦役で修復材の量を減らすのに役立ちます。

・ウィチタ改1
火力最高の重巡です。
更にスキルはクリティカル率アップですので、元々の火力と合わさり重巡としては
結構なダメージを出せます。
また、雷装無しの重巡なので夜戦火力が駆逐に次ぐ高さなところもメリットです。 

・高雄改1、愛宕改1、鳥海改1、摩耶改1
まず日本艦の特色である雷撃、回避特化の影響で、4隻とも回避85と高い回避力を誇ります。
加えて高雄は雷撃特化スキル持ちで、最高クラスの魚雷を三つ積む(+15x2、+10)と
魚雷戦における火力は徹甲弾積み火力165の戦艦と同レベルになります。
愛宕は艦隊全員の雷撃値と索敵値を上げるので水雷戦隊引率艦として優秀です。
鳥海は旗艦時に艦隊内の重巡軽巡駆逐の命中値とクリティカル率を上げますので、こちらも
水雷戦隊の引率艦として優秀です。
摩耶は両隣の艦の対空を上げつつ自身の雷装値を上げますが、他の三艦と比べると
悪くはないですがいまいちです。
基本的に高雄型2艦以上+駆逐4で組み合わせると結構強力で、鳥海愛宕駆逐4で
7-1ボス掘りをしている人もいます。
分岐条件に重巡が含まれていて且つ駆逐主体の省エネ周回したい時に組み込む重巡として
使いやすい艦と言えます。

・クインシー改1 ヒューストン改1
火力二位の重巡です。
スペックは若干クインシーの方が高いですが、大きく影響するほどではありませんので
ビジュアル的に好きな方を育ててよいと思います。
こちらも雷装無し重巡です。

・ニューオーリンズ改1 ノーザンプトン改1

こちらも火力二位の重巡です。
隣接する艦と自身の回避を上げるスキル持ちです。
スペックは大して変わりませんので、ビジュアルで選んでよいと思います。
こちらも雷装無し重巡です。

・ロンドン改1 ケント改1
自身のダメージを一定確率で5に固定するスキル持ちです。
発動しまくるとなかなか強力なスキルなのですが、基本的に装甲・火力とも低く使いにくい艦です。
ただ、ビジュアル的に人気の艦なので癒されつつ多少は実用的な艦が使いたい人向けです。


★軽巡★

・ヘレナ改1
スキルが艦隊全体の索敵と命中アップという非常に便利なもので、
軽巡の中で最も使用頻度が高いと思われる艦です。
スペック的にもトータルで軽巡最高レベルなので軽巡レギュラー枠筆頭と言えるでしょう。

・逸仙改1
低速軽巡でスペックも高くなく、一見使いにくそうですが艦隊全体の対空、装甲、回避を5上げる
スキルが強力です。
更に中国艦は+15されますので、逸仙自身も対空80、回避80となり、回避盾として優秀になります。
巡洋艦戦役の軽巡枠として最適な艦になります。

・夕張改1
スキル効果により装備品の効果が最大1.6倍になりますので、実質的には6スロ軽巡と言えます。
スペックは高くありませんが、回避はル・ファンタスクに続く全艦中2位ですので、
装備のカスタマイズ次第でいろいろな海域で使えるオールマイティな艦になります。
飛び抜けて強力な艦ではありませんが、使っていて面白い艦です。

・五十鈴改1
機銃の対空値の一定割合を対潜に使え、対潜装備の対潜値の一定割合を対空に使えますので、
空母と潜水艦が多い海域で使いやすい軽巡になります。
対潜装備よりも機銃を対潜用に装備すると良いでしょう。
筆者は7-2ボス掘りで重宝しました。

・寧海改1
上昇量はわずかですが、取得経験値を上げるスキル持ちです。
低速軽巡ということもあり、6-1-Aでのレベリングの随伴艦にちょうど良いです。

・天龍改1 龍田改1
遠征時に旗艦にすると、それぞれ取得量アップと大成功率アップするスキル持ちです。
遠征は基本的に常時4艦隊出しているはずですので、天龍龍田は合計4隻は
100レベルのものを用意しておくと資源やアイテムの確保が楽になります。
筆者は3隻用意していますが、大成功重視で天龍1隻龍田2隻という構成にしています。