(2016年4月29日のアップデートで開幕航空戦における制空計算方法が変更になり、
 制空はより取りやすく、ボーキの消費も抑えられるようになりました)
(現在当サイトの海域マップに掲載されている制空値は旧仕様のものなので
 間違ってますが、旧仕様基準で艦載機を積んでも制空は取れます)
2016.08.02追記 焼き豚さん制作の制空計算シートのver2.5.0版が公開されましたので、
 公開先urlを更新しました) 

戦闘の最初に行われる航空戦において、制空権の有無により艦載機の消耗と
艦載機による与被ダメージが変わります。
非常に重要な要素なので、空母系を運用する際は特に理由が無い限り
制空権を取るよう艦戦を積みましょう。
それと豆知識として、艦戦は敵艦の爆撃には参加しないようなので、敵の対空砲火により
消耗することはなさそうです。

・艦隊制空値
各艦船の装備スロットの制空値の合計になります。

・開幕航空戦への出撃機数
各艦船の火力/5+3機の艦載機が各スロットから出撃します。
出撃可能数がスロットの搭載数より上回る場合、そのスロットに搭載されている艦載機は
全て出撃します。
例: レキシントン改(火力40、スロット毎の艦載機の搭載数20・20・35・10)の場合
    出撃機数(11機・11機・11機・10機)

つまり、一度の開幕航空戦に出撃する艦載機の数が減るので両軍とも撃墜数も少なくなり、
ボーキの消費も抑えられる仕様になりました。
一戦当たりの被撃墜数が減ると言うことは、連戦をしても空母の火力が減りにくくなるということで、
以前よりも空母が活躍する場面が増えると言うことになります。

・装備スロットの制空値
(LN((スロットの出撃機数+1)×2))×装備艦載機の対空値
※LNは自然対数関数です

・制空判定                
判定 艦隊制空値 艦載機の消耗 開幕爆撃火力係数
制空権確保 味方 > 敵×3 0 ~1% 1.1
制空優勢 敵×3 ≧ 味方 > 敵×1.51%から25% 1.05
制空均衡 敵×1.5 ≧ 味方 > 敵×1/3 1
制空権喪失 敵×1/3 > 味方 ?%~100% 0.9

・撃墜判定
以前は撃墜判定を開幕爆撃後に行っていましたので、相手の艦載機を全滅させたとしても
開幕爆撃は受けましたが、開幕爆撃前に撃墜判定が反映されるようになりました。
つまり相手の艦載機を全滅させれば開幕爆撃は受けません
(画面表示的には艦載機を全滅させても艦載機自体は消えませんが、
  攻撃は全てミスと表示されます)

・制空計算機
焼き豚さんより新制空システムに対応した計算シートを頂きましたので
下記URLに上げました(googleスプレッドシート)
必要な方はご自身のマイドライブにコピーして、ご活用ください。
(公開の許可を頂き、ありがとうございました)
新制空計算シート160802

また、中国の提督が作成、日本語翻訳された制空計算ツール(excelファイル(xlsx形式))が
下記ツイートにて配布されてます。
(こちらはver2.4.0版になります)
https://twitter.com/toby_dak/status/728226679869431808

・敵各艦種の制空値                                   
艦種 制空値 制空確保
軽空Ξ級Ⅰ型 4.61 13.83
軽空Ξ級Ⅱ型(紫) 12.4237.26
軽空Ξ級Ⅲ型(金) 14.45 43.35
軽空Ξ級Ⅳ型(金) 27.82 83.46
空母Ο級Ⅰ型 4.97 14.91
空母Ο級Ⅱ型(紫) 13.8641.58
空母Ο級Ⅲ型(金) 15.46 46.38
空母Ο級Ⅳ型(金) 29.99 89.97
Formidable(マタパン岬沖海戦(困難)) 15.8947.67
祥鳳(珊瑚海海戦(普通)) 4.16 12.48
翔鶴(珊瑚海海戦(困難)) 15.4646.38
瑞鶴(珊瑚海海戦(困難)) 15.4646.38